Sabtu 27 Mei 2006 sekitar pukul 05.55 WIB Yogyakarta diguncang gempa 5,9 Skala Richter. Consultative Group on Indonesia (2006) melaporkan, gempa ini mengakibatkan 6 ribu orang meninggal, 50 ribu orang luka-luka, 500 ribu sampai sejuta orang kehilangan tempat tinggal serta menelan kerugian sebesar 2,9 triliun rupiah (3,1 miliar US dollars). FKAM pun segera menerjunkan relawannya ke lokasi bencana untuk memberikan bantuan kemanusiaan.
